Universitas Muhammadiyah Papua Merupakan Perubahan Status dari STIKOM Muhammadiyah Jayapura, yang berdiri sejak tahun 2001 dan Berdasarkan SK Kementrian pendidikan dan kebudayaan Nomor. 937/M/2020 Tentang perubahan Sekolah Tinggi Ilmu komunikasi Muhammadiyah Jayapura yang beralih status menjadi Universitas Muhammadiyah Papua Pada tanggal 06 Oktober 2020. Perubahan status STIKOM Muhammadiyah Jayapura menjadi Universitas Muhammadiyah Papua Merupakan Bentuk Komitmen Persyarikatan Muhammadiyah untuk berkontribusi terhadap Pembangunan di Tanah Papua dengan membuka 7 Program Studi diantaranya adalah Prodi Imu Komunikasi, Prodi Hukum, Prodi Lingkungan, Prodi Kewirausahaan, Prodi Ilmu Komputer Prodi Psikologi, dan Prodi Diploma 3 Humas (D3), Perubahan status dan penambahan Prodi merupakan kebutuhan yang mendesak untuk mengakomodir kebutuhan masyarakat di tanah Papua sesuai dengan Visi Pembangunan Sosial