Pada awal tahun 2000, Pemerintah Kabupaten Bengkalis (Pemkab. Bengalis), melalui Yayasan Gema Bahari mendirikan perguruan tinggi dengan nama Politeknik Perkapalan Bengkalis, yang mempunyai 3 (tiga) program studi, yaitu: Teknik Listrik Kapal, Teknik Bangunan Kapal, Teknik Permesinan Kapal. Dalam perjalanannya, Politeknik Perkapalan Bengkalis berubah nama menjadi Politeknik Bengkalis dan berada di bawah Yayasan Bangun Insani (YBI) dengan 5 (lima) program studi yaitu: Teknik Perkapalan, Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Sipil, dan Administrasi Bisnis. Pada bulan Juli 2001, Politeknik Bengkalis menerima mahasiswa baru angkatan pertama. Pada awal pelaksanaan kegiatan akademiknya, Politeknik Bengkalis bekerjasama dengan Politeknik Perkapalan Negeri Surabaya ITS Surabaya.Pada awal 2008 Politeknik Bengkalis mengusulkan peningkatan status dari Perguruan Tinggi Swasta menjadi Perguruan Tinggi Negeri kepada YBI dan Pemerintah Kabupaten Bengkalis. Setelah mendapat restu dari YBI dan Pemkab. Bengkalis pada awal tahun 2009, kami meneruskan usulan tersebut kepada Kementerian Pendidikan Nasional melalui Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Alhamdulillah usulan peningkatan status mendapat sambutan hangat. Tepat tanggal 9 Februari 2011 dilakukan Serah Terima Aset dari Pemerintah Kabupaten Bengkalis kepada Pemerintah Pusat melalui Kementerian Pendidikan Nasional serta Serah Terima Sumber Daya Manusia (SDM) Politeknik Bengkalis dari YBI kepada Pemerintah Pusat. Dengan telah dilakukannya Serah Terima Aset dan SDM maka kata Negeri sudah bisa dipakai.