Babak baru sejarah Rumah Sakit PELNI dimulai dengan dikeluarkannya surat izin pemisahan dari Menteri Negara BUMN No S–743/MBU/2007 tanggal 31 Oktober 2007, dan ditandatanganinya Akte Pendirian PT Rumah Sakit PELNI kemudian dilanjutkan pelantikan Direksi dan Komisaris sesuai dengan SK No. 118/HKO.01/XI/2007 pada tanggal 9 November 2007, maka status Rumah Sakit berubah dari usaha sampingan menjadi Anak Perusahaan dari PT PELNI dan Yayasan Kesehatan Pensiunan PELNI. Dengan demikian RS PELNI berubah nama menjadi “PT. Rumah Sakit PELNI“ dengan Logo baru disertai Mars Rumah Sakit PELNI